Thủ tục hoàn thuế GTGT dự án đầu tư như thế nào?

Nhà đầu tư khi thực hiện kê khai và nộp thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư, có thể được hoàn thuế giá trị gia tăng. Pháp luật về thuế hiện hành đã có những quy định pháp luật về hoàn thuế dự án đầu tư.

Hỏi: Công ty em có thành lập Chi nhánh (đã có giấy chứng nhận ĐKKD, đăng ký nộp thuế theo PP khấu trừ) và được cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư xây dựng nhà máy sản xuất. Chi nhánh hoạt động theo uỷ quyền của công ty thực hiện dự án đầu tư trên. Hiện tại, số thuế GTGT đầu vào của em khoảng 3tỷ, em muốn hoàn thuế cho dự án đầu tư.

- Tiến độ thực hiện dự án thực tế chậm hơn tiến độ ghi trong giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, điêu đó có ảnh hưởng tới việc hoàn thuế ko ạ?

- Đây là lần hoàn thuế đầu tiên thì ngoài đề nghị hoàn thuế, mẫu 01-1, mẫu 01-4 thì em còn phải chuẩn bị những giấy tờ gì khi cơ quan thuế kiểm tra hồ sơ.  Tất cả các hoá đơn tiền điện, nước trong giai đoạn đầu tư này đều kê hết vào 02/GTGT dành cho dự án đầu tư đúng không ạ?

Trả lời: Cảm ơn bạn đã gửi câu hỏi đề nghị tư vấn đến Công ty Luật Minh Gia, trường hợp của bạn chúng tôi tư vấn như sau:

Về điều kiện hoàn thuế cho dự án đầu tư mới, tại Luật số 106/2013/NĐ-CP ban hành bởi Quốc hội sửa đổi bổ sung một số điều của luật thuế giá trị gia tăng, luật thuế tiêu thụ đặc biệt và luật quản lý thuế, Điều 1 khoản 3 sửa đổi Điều 13 về các trường hợp được hoàn thuế như sau:

”1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng hoặc trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.

Trường hợp cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ và có số thuế còn lại từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng”

Ngoài ra, Nghị định 100/2016/NĐ-CP quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng, luật thuế tiêu thụ đặc biệt và luật quản lý thuế, Điều 1 khoản 6 quy định hoàn thuế giá trị gia tăng như sau:

“a) Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm, trừ trường hợp quy định tại điểm c khoản này. Trường hợp, nếu số thuế giá trị gia tăng lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.

Trường hợp dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền thanh tra, kiểm tra, kiểm toán thì cơ quan thuế có thể sử dụng kết quả thanh tra, kiểm tra, kiểm toán để quyết định việc hoàn thuế giá trị gia tăng và phải chịu trách nhiệm về quyết định của mình.

b) Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào bù trừ với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh tại trụ sở chính, sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư, trừ trường hợp quy định tại điểm c khoản này. Cơ sở kinh doanh phải kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng đối với dự án đầu tư”

Thêm vào đó, Điều 19 Thông tư 219/2013/NĐ-CP quy định điều kiện và thủ tục hoàn thuế GTGT như sau: Các cơ sở kinh doanh, tổ chức thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại điểm 1, 2, 3, 4, 5 Điều 18 Thông tư này phải là cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, đã được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp hoặc giấy phép đầu tư (giấy phép hành nghề) hoặc quyết định thành lập của cơ quan có thẩm quyền, có con dấu theo đúng quy định của pháp luật, lập và lưu giữ sổ kế toán, chứng từ kế toán theo quy định của pháp luật về kế toán; có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng theo mã số thuế của cơ sở kinh doanh

Dựa theo các quy định trên, điều kiện để hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư nhìn chung là:

- Cơ sở kinh doanh đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ;

- Số thuế GTGT lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư lớn hơn 300 triệu;

- Cơ sở kinh doanh đã đăng ký kinh doanh hoặc có giấy phép đầu tư;

- Có con dấu và chế độ kế toán theo đúng quy định pháp luật;

- Có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng theo mã số thuế của cơ sở kinh doanh;

Như vậy, nếu thực hiện dự án thực tế chậm hơn tiến độ ghi trong giấy chứng nhận đăng ký đầu tư không ảnh hưởng đến điều kiện để được hoàn thuế GTGT.

Về hồ sơ hoàn thuế, Thông tư 156/2013/NĐ-CP, quy định hồ sơ hoàn thuế GTGT của dự án đầu tư bao gồm:

- Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu Ngân sách nhà nước theo mẫu số 01/ĐHNT ban hành kèm theo Thông tư này;

- Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư theo mẫu số 02/GTGT;

- Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-2/GTGT

Đồng thời, Thông tư 119/2014/TT-BTC, Điều 1 Khoản 3 Điểm b sửa đổi bổ sung một số điểm của Thông tư 156/2013/TT-BTC quy định việc lập các Bảng kê hàng hóa, dịch vụ mua vào, bán ra kèm theo Tờ khai thuế gửi cho cơ quan thuế trong một số trường hợp như sau: “Đối với hàng hóa, dịch vụ bán lẻ trực tiếp cho đối tượng tiêu dùng như: điện, nước, xăng, dầu, dịch vụ bưu chính, viễn thông, dịch vụ khách sạn, ăn uống, vận chuyển hành khách, mua, bán vàng, bạc, đá quý, bán hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT và bán lẻ hàng hóa, dịch vụ tiêu dùng khác thì được kê khai tổng hợp doanh số bán lẻ, không phải kê khai theo từng hóa đơn”    

Như vậy, hóa đơn điện, nước sẽ không kê khai theo từng hóa đơn theo Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-2/GTGT.